De Britse rasstandaard erkent drie verschillende kleuren: de sable, de tricolour en de bluemerle. De Amerikaanse rasstandaard erkent een vierde kleur: de witte collie.
De sable omvat alle kleuren van zand- tot voskleur en van een diepe mahonietint tot goud. Een te lichte (gele) tint wordt als ongewenst beschouwd. De sable collie heeft meestal witte pootjes en witte kraag die zowel volledig als half kan zijn. Er zijn ook collies bekend zonder witte kraag. Soms vertoont de neus een witte bles.
De tricolour is een geheel zwarte collie met witte pootjes en kraag en bruine of tankleurige aftekeningen op de kop en pootjes. Als de tricolour gekruist wordt met een sable, kan er een shaded of dark sable ontstaan. Deze heeft het patroon van een sable collie, maar de haren hebben zwarte punten. De vacht kan op oudere leeftijd heel donker worden.
De blue merle is een lastige kleur om goed te fokken. De blue merle is een zogenaamde blauwschimmelkleur die eruitziet als een zilvergrijze vacht met zwarte vlekken. De vacht heeft heldere tanaftekeningen op kop en poten en de collie heeft witte kraag die geheel of half kan zijn en witte pootjes. Roestkleurige vlekken of al te grote zwarte vlekken (dekplaten) zijn niet toegestaan of worden als ongewenst beschouwd. Blue merle collies mogen geheel of gedeeltelijke blauwe ogen hebben. Dit is niet toegestaan bij tricolours of sables..
White collies kent men vanaf het begin van het ras. Koningin Victoria had er zelfs één in haar bezit. Aan het eind van de 19e eeuw werd de Ierse Setter in het ras gekruist en die leverde de zeer gewilde sablekleur op. Al snel werd sable met wit de nieuwe modekleur en fokkers doodden de witte pups in het nest, omdat deze niet gewenst waren. Na verloop van tijd stierf de witte kleur langzaam uit en toen de rasstandaard werd opgesteld werd de witte kleur niet opgenomen.
In Amerika bleef de witte collie echter wel gewenst en vandaar dat de Amerikaanse Kennel Club de witte kleur in de rasstandaard heeft opgenomen. In Amerika is er zelfs een aparte White Collie Club en wordt met name de zogenaamde colourheads (witte collies met een sable-, tri- of blue merle-hoofd) zeer op prijs gesteld.
De normale gezonde witte collie mag nooit verward worden met blue merle x blue merle-kruisingen waarbij de witte kleur wordt veroorzaakt door een verdunning van het natuurlijk pigment en die heel vaak ernstige defecten veroorzaakt aan het gehoor en gezicht.
